木曜の書き方が誤解を招いたらしくツッコミを受けたので少々修正。「ページ単価の違いは稿料の差が原因では？」といわれ、稿料の存在に気づきました（死 でも、ライトノベルの文庫って印税以外に稿料あるんでしたっけ？ 印税だけだと思ってました。
http://homepage3.nifty.com/t-snow/diary/0511jo-.html#051107
なんでもケース・バイ・ケースなので絶対にこうとは言い切れませんが、書き下ろし文庫は印税が入るだけです。原稿料が重ねて支払われるということはありません。
雑誌掲載時に原稿料、一冊にまとめて出版したときに印税、というパターンはありますが、それは書き下ろしではないですし。
ただし、書き下ろしの印税というのは、再版がかからない限りは事実上、「原稿料」と同じと考えていいと思います。本物の「印税」は、再版から。
紙質の善し悪しは、薄利多売で行くか、マニアな読者の満足心をそそるか、その他、編集・出版方針次第です。
要は「どう売るか、この本をどういう読者の手に届かせたいか」が予算の許す範囲でパッケージに反映されるわけです。
単価の違いは、どれだけ売り上げられるか、にもよります。
なんでも「いちどに多く作れば単価が安くなる」法則がありますから、たくさん売れるはずのものは、一気にたくさん作って、安くできるわけです。
もちろん、同じレーベルの中であまり単価に差をつけるわけにはいかないので、売れる作家でも売れない作家でも、同じようなページ数の本なら同じくらいの値段になるように、原価計算（紙・印刷・製本その他もろもろの経費）をして、出版社がちゃんと儲かる価格を設定することになります。
わたしは実際に本を作ったり単価の設定をしたりする立場にはないので、間違っている部分があるかもしれませんが、一応、こんなところであろうというあたりを書いてみました。
あきらかな誤りがありましたら、ご指摘・ご指導ください＞お気づきになられたかた
※書き漏らしたので、ちょっと追記
カラーページある方が明らかに単価が高く出ているので、やっぱりカラーは文庫の値段を引き上げる模様。単純にイラストレーターの稿料が上がるからでしょうね。
http://homepage3.nifty.com/t-snow/diary/0511jo-.html#051103
もちろん稿料も要因にはなるでしょうが、なによりもカラー印刷費の方なのではないかと。
紙も小説本文とは違う単価の高い紙を使うことになりますし、インクも黒一色では済みません。いわゆるCMYK、予算があればプラス特色。しかも紙の全面にべったり載りますので、ものすごく使います。
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見た目の紙質の善し悪しと、紙の価格は一致しない場合（粗い風合いに見える紙が普通の上質紙より高いことも）もありますし、紙屋と出版社の契約によって、同じ紙でも販売単価が異なる場合があります。
また、表紙や本文のデザインや組版（ＤＴＰ作業）も出版社、デザイナーによりバラバラです。最後の印刷、製本も出版社と印刷、製本屋との契約なので各社バラバラです。
なるほど、稿料はないけれど、初版の印税が稿料代わりですか。それならパーセンテージで決まる分それほど価格には影響しなさそうですね。
単価の問題は難しいですね。数調べてみようにも、編集方針や高橋まさんがおっしゃっているような見た目と価格の不一致は、外からでは想像で補うしかないのでお手上げ。時間があれば、売り上げと単価の関係は調べてみようかなと思います。
同じ紙でも販売単価が異なるのは、いわれてみればナルホドー、ですけど気がつきませんでした……。そうだよなぁ。
＞t-snow さん
はじめましてー。決まったレーベルで仕事をしていると「このページ数をはみ出すと折りが増える（＝単価が上がる）」というような形では認識しますが、そもそもの標準単価設定までは、書き手に相談されるケースはほぼないです。
ですから、あまり詳しいわけではないのですが、ご参考になれば。